・実質的に持分の規定がある社団医療法人について解散時に出資持分に対応した残余財産の分配をうけることは配当にあたるのではないかという非営利性の形骸化の問題がありましたが、新制度の下設立される基金拠出型医療法人では残余財産の帰属先を出資者でなく国・地方公共団体から選ぶことになっています。
・公益性の高い医療サービス（救急や災害、へき地医療など）を提供する地域医療の中核病院として位置づけされる社会医療法人がつくられ、これは一定の収益事業を営むことや医療法人債の発行や募集をすることが可能です。
・提供する医療の質の向上およびその運営の透明性を確保することが法律上で求められることとなり、理事や監事の人気の明文化、監事の職務の明文化、事業報告書・監事の監査報告書の作成が義務づけられています。さらに都道府県に出された事業報告書などの閲覧についての定めもあります。
・医療法人がおこなうことが可能である附帯業務に有料老人ホームや高齢者専用住宅の設置が認められることとなっています。また、従来医療法人の資産要件として規定されていた自己資本比率が20％以上であることという定めがなくなりました。
・医療法人は毎会計年度終了後2か月以内に事業報告書や財産目録、貸借対照表、損益計算書などの作成をしなければならず、これらのものは理事から監事に出されて監査をうけます。
