過日、父に相続が発生しました。母は既に亡くなっています。私と妹が相続人で、父の財産は自宅の不動産(相続税評価額8,000万円)と保険金(3,000万円)です。妹との遺産分割において、自宅については父と同居していた私が相続するとの合意をしました。ただし、保険金の受取人についても私でありましたから、妹が相続する財産がありません。不動産を共有とすることは希望していませんが、何かいい方法はないですか？

代償分割という方法が挙げられます。遺産分割の方法の一つで、相続人の一人又は数人が相続財産を取得して、その相続財産を取得した人が他の相続人に代償金等を支払う方法を、代償分割と呼びます。
あなたの場合、ご自宅の不動産の全て及び保険金を取得して、妹に対しては代償金を支払うことをお勧めします。

1.不動産を共有で相続する場合
遺産分割に際して、不動産だけが相続財産であるときには、当該不動産を共有持分で相続するという選択肢が存在します。ただ、兄弟で不動産を共有すれば、売却といった処分の際にも共有者の同意が必要となり、将来財産が細分化されていくケースも存在します。
ご質問の場合に、ご自宅の不動産について、あなたと妹が共有で相続すれば、ご自宅の建替えや買換えのときには、妹の同意が必ず必要とされます。

2.小規模宅地等の特例
相続税の計算に際して、小規模宅地等の特例が適用されるか否かの判定は、不動産の取得者ごとに行われますので、要件を満たさない相続人がその不動産を相続したときには適用されないことになります。なお、同居している親族がご自宅を相続すれば、一定の要件を満たすことにより、240㎡まで80％が減額されます。
ご質問の場合に、ご自宅の不動産について、あなたと妹が2分の1ずつ共有で相続し、一定の要件を満たすことによって、あなたが相続する持分に関してのみ80％が減額され、妹が相続する持分に関してはこの特例の適用を受けられません。
ご自宅の不動産について、その相続税評価額は次のようになります。　　　　　　　　　　
(1)あなたが全て相続した場合の相続税評価額
　　8,000万円×(100％－80％)＝1,600万円
(2)あなたと妹が2分の1ずつ共有で相続した場合の相続税評価額
　　あなたの持分・・・8,000万円×1／2×(100％－80％)＝800万円
　妹の持分・・・8,000万円×1／2＝4,000万円
　合計・・・4,800万円

3.代償分割
あなたがご自宅の不動産を全て相続した場合には、将来における処分もご自身の判断だけですることが可能であり、小規模宅地等の特例を適用することができます。
妹には、代わりに、保険金やご自身の現預金等より代償金の支払いを行うことで、遺産分割を着実に実現できます。
次のようなことが注意すべき点であるといえます。
・代償分割を予定している場合、生命保険金等で代償金に見合う財産の準備を存命中にしておかなければなりません。
・相続によって取得した不動産を売り、その代金の分割を行った場合、換価分割と判断されて、売却に関する所得税等の課税がなされる可能性があります。
・代償財産として交付を行う財産が、その交付する相続人が所有している不動産である場合、その交付の際の時価によってその不動産を売却したこととなり、所得税等の課税がなされます。